Die Geschichte des Ruhr Museums beginnt vor mehr als einhundert Jahren mit der Gründung eines Essener Museumsvereins im Jahre 1901, die vor allem vom Historischen Verein für Stadt und Stift Essen und dem Kruppschen Bildungsverein betrieben wurde. Das am 4. Dezember 1904 eröffnete Museum umfasste zunächst die Bereiche Kunst, Ortsgeschichte, Natur- und Völkerkunde und gehört zu den ersten Gründungen im Ruhrgebiet. Es befand sich zunächst in der Essener Innenstadt in der alten Post am Burgplatz.
Nach Ausgliederung der Städtischen Kunstsammlung, die den Kern des späteren Museum Folkwang darstellt, wurde 1911 das „Museum der Stadt Essen für Heimat-, Natur- und Völkerkunde“ gegründet. Von Anfang an bestand aber auch das Bestreben zum Ausbau eines Industriemuseums für den gesamten Rheinisch-Westfälischen Industriebezirk.
Bis 1927 waren die Sammlungsbestände derart angewachsen, dass das Museum in das Ledigenheim der Firma Krupp am Bahnhof Essen-West umzog. 1934 erhielt es den Namen „Ruhrland-Museum“. Die fatale Entscheidung für eine separate Präsentation der ortsgeschichtlichen Sammlungen in dem von den Nationalsozialisten 1937 geschaffenen „Haus Heimat“ führte zur weitgehenden Zerstörung der historischen Bestände. 1954 konnte das Museum in der Knaudtschen Villa an der Bismarckstraße wiedereröffnet und 1964 um einen Neubau erweitert werden.
Von 1984 bis 2007 bildete das Ruhrlandmuseum gemeinsam mit dem Museum Folkwang das Essener Museumszentrum an der Goethestraße.
Am 1.1.2008 wurde das Museum in eine völlig neue Struktur überführt und als Stiftung Ruhr Museum in neuer Trägerschaft am neuen Standort, dem UNESCO-Welterbe Zollverein, gegründet.
Am 9.1.2010 wurde das Ruhr Museum als Regionalmuseum des Ruhrgebiets gemeinsam mit der Kulturhauptstadt RUHR.2010 in Anwesenheit des damaligen Bundespräsidenten Horst Köhler auf dem UNESCO-Welterbe Zollverein in Essen eröffnet. Bereits vier Jahre danach empfing das Ruhr Museum am 11. Dezember 2013 seinen millionsten Besucher.
Zehn Jahre nach der Eröffnung der Kulturhauptstadt RUHR.2010 und des Ruhr Museums fand die große Jubiläumsfeier „Zehn nach Zehn“ vom 10. bis 25.1. 2020 mit riesigem Publikumszuspruch auf Zollverein statt. Während des zweitägigen Museumsfests am 11. und 12.1. 2020 mit einem umfangreichen Kulturprogramm begrüßte das Ruhr Museum auch seine zweimillionste Besucherin.
Mit der Eröffnung des spektakulären Schaudepots in der ehemaligen Salzfabrik auf der Kokerei Zollverein endet der Umzug des Ruhr Museums mit seinen Ausstellungen, Funktionsräumen und Depots auf das UNESCO-Welterbe Zollverein. In seinem Zentral- und Schaudepot deponiert und präsentiert das Ruhr Museum im Rahmen von Führungen große Teile seiner Geologischen, Archäologischen und Historischen Sammlungen.
